Đối với Chăm Islam, trước năm 1975, ở miền Nam, Hồi giáo có hai tổ chức chính thức là: "Hiệp hội Chàm Hồi giáo Việt Nam" và "Hội đồng giáo cả Islam Việt Nam". Hiệp hội Chàm Hồi giáo Việt Nam hoạt động dưới sự điều hành của Ban Quản trị Hiệp hội Trung ương và Đại hội đồng cơ sở. Nhằm mục đích: không hoạt động chính trị mà duy trì những tinh hoa đạo đức trong sinh hoạt tôn giáo; thực thi các tập tục truyền thống và đời sống đạo đã được kinh Qur'an giáo huấn. Tuy nhiên, cả hai tổ chức này nhất là Hiệp hội Chàm Hồi giáo Việt Nam bị chính quyền Mỹ và Sài Gòn lợi dụng, sử dụng làm công cụ chống Cộng. Do đó, nó cùng tồn tại đến ngày 30 tháng 4 năm 1975 thì tự giải tán theo sự sụp đổ của chính quyền Sài Gòn. [cần dẫn nguồn]

Mặt khác, trong cộng đồng Chăm Bàni ở hai tỉnh Ninh Thuận và Bình Thuận, trước năm 1975 đều có tổ chức "Hội đồng giáo cả" tuy chưa được pháp luật thừa nhận nhưng trên thực tế vẫn hoạt động và tồn tại cho đến nay.

Từ sau năm 1975 đến trước khi có chủ trương của Đảng Cộng sản Việt Nam về công tác đối với Hồi giáo, ở Việt Nam mới có một tổ chức là Ban Đại diện cộng đồng Hồi giáo TP. Hồ Chí Minh được thành lập tháng 7 năm 1992. Từ năm 2003 (thực hiện chủ trương của Đảng Cộng sản Việt Nam về công tác Hồi giáo), Ban Tôn giáo Chính phủ phối hợp với Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố có Hồi giáo đáp ứng nhu cầu sinh hoạt tôn giáo về mặt tổ chức cho tín đồ. Đến nay, đối với Chăm Islam, có thêm hai tổ chức Hồi giáo cấp tỉnh ở tỉnh An Giang và Tây Ninh; đối với Chăm Bàni, có Hội đồng sư cả Hồi giáo Bàni tỉnh Ninh Thuận.